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Extended depth of field/深度合成

I usually take snapshots of specimens before imaging with CoMBI. In order to get an in-focus image covering entire depth of field, I first take several images with different focus, and then combine them later.

CoMBIで撮影する前に標本をスナップ撮影することがよくあります。奥行き深くまでフォーカスが合った像を得るには、まず、異なるフォーカスで複数枚の画像を撮影し、あとでそれらの画像を合成します。

Applications/アプリケーション

Use one of below applications / どらかひとつあれば深度合成できます

  • Adobe Photoshop (Paid app, annual subscription)
  • Helicon Focus（Paid app, Ver.Lite Lifetime license $115, annual sbscription, etc. (2021.4))

  • ImageJ (Freeware, but resultant image is not so good as above apps.)

  • Adobe Photoshop 有料、年間

  • Helicon Focus 有料、買取や年間支払いなど、バージョン違いもあります。
  • ImageJ 無料だけど、上記アプリと比較して、合成結果はあまりよくない。

Devices that are helpful, but non-essential/あれば便利な機材

You can use any macro photography equipment you normally use, but following items will be helpful. 普段使っているマクロ撮影機材でいいですが、以下のどれかがあると便利でしょう。

  • Focusing rail (I use in the lab.)
  • A camera with Focus Shift function, ex Nikon Z6, 6II, 7, 7II, D850. (I personally enjoy Nikon Z6).

  • Fine movement stage (I do NOT have it, it might move the specimen in the liquid.)

  • フォーカシングレール（拡大率が変わらないので気に入って使っている。手動です。）

  • フォーカスシフト撮影ができるカメラ（趣味では私物Z6を使っています）
  • 微動ステージ（標本が液中にある場合、動いてしまって不便かも）

Precedures/手順

Photoshop

  1. Take several images with different focus.
  2. Choose images that seems to be usefull for EDF.
  3. Open multiple images as layers. File> Script> Load files into stack
  4. First, registrate. Select all layers and Edit, Auto-Align layers
  5. Second, EDF. Select all layers and Edit, Auto-Blend layers
  6. Save images as TIFF, JPEG etc. File> Save as


  1. フォーカス面を少しずつ変えながら、複数枚の画像を撮影する。
  2. 使えそうな画像を前もって選んでおく。
  3. 複数画像をレイヤーとして読み込む File> Script> Load files into stack
  4. まずは、ズレを補正する。すべてのレイヤーを選択して、Edit, Auto-Align layers
  5. 次に深度合成。すべてのレイヤーを選択して、Edit, Auto-Blend layers
  6. File> Save as TIFF, JPEGなどで保存

Helicon Focus（処理が速く、操作簡単）

  1. Take several images with different focus.
  2. Open all images by drag&drop. Convienient!
  3. Choose images that seems to be usefull.
  4. Execute EDF. Default settings usually provide good results.
  5. If the results are not satisfactory, review chosen images.
  6. Resultant images will be kept in the app. Save the best image.


  1. フォーカス面を少しずつ変えながら、複数枚の画像を撮影する。RAW-JPEG変換。
  2. ドラッグ＆ドロップで読み込ませる。撮影した画像全部。
  3. 使えそうな画像を、見ながら選んでチェックを入れる。（便利）
  4. 深度合成を実行。設定はデフォルトでたいていうまくいく。
  5. （もし失敗したら、画像を減らすなどしてみる。合成結果の履歴が残っていくので便利。）
  6. 保存

ImageJ （あまり使ったことない）

Preparation: Download jar file, and place it in the plug-in folder to install. https://imagej.net/plugins/extended-depth-of-field Follow the description on ImageJ official site (above) i.e., go to developer site to get jar file.
上記のImageJサイトを経由して、開発者のサイトにいけます。そこでjarファイルをダウンロードし、ImageJアプリのplug-insフォルダに格納してください。ImageJを再起動すると、plug-insに現れます。

  1. Take several images with different focus.
  2. Open as a stack
  3. plug-ins, Extended depth of field


  1. フォーカス面を少しずつ変えながら、複数枚の画像を撮影する。RAW-JPEG変換。
  2. 複数画像をスタックとして開く
  3. プラグインより、plug-ins, Extended depth of field